산업도시 울산의 21세기를 선도할 수 있는 과학영재의 조기 발굴과 교육적으로 취약한 울산의 과학영재교육 수행을 위한 체계적인 시스템을 구축하여 초·중학교 때부터 창의적인 교육방법으로 과학영재를 육성하고자 하는데 본 교육원의 목적이 있다. 이를 위하여 다음과 같은 교육목표를 둔다.
울산지역의 초등학교 및 중등학교의 교육과 연계하여 과학영재를 발굴하고 지역적 필요에 부응할 수 있는 교육과 연구를 담당한다.
지역적 교육 부재성을 감안하여 과학영재교육에 필요한 수준 높은 교육과제 및 프로그램의 개발과 보급을 수행한다.
과학영재의 특성과 수준을 고려한 최적의 교과과정을 운영함으로써 과학교육관련 상급학교와의 연계성을 확립한다.
기타 지역의 과학영재교육기관 및 과학영재교육원과의 긴밀한 협조 체제를 구축한다.
울산지역의 초등학교, 중학교 및 고등학교의 과학영재교육 관련 교사의 육성 및 관련자료를 제공한다. 그리고 울산지역의 과학과 산업에 응용이 가능한 교육프로그램으로 산학 협동을 극대화하고 지역인재를 확보하고자 한다.
울산지역 초등학교 및 중등학교 과학영재 학부모 간담회를 실시하여 가정생활에서 과학영재교육이 이루어질 수 있는 환경을 조성한다. 이는 2~3년 단기간 동안의 교육원에서 주어지는 과학영재교육이 장기적인 효과를 가져오는데 기여할 것이다.